A Secretaria Estadual de Logística e Transportes tem sob sua responsabilidade o Departamento de Estradas de Rodagem (DER), o Departamento Aeroviário do Estado de São Paulo (DAESP), o Departamento Hidroviário (DH), a Dersa Desenvolvimento Rodoviário S.A., e a Companhia Docas de São Sebastião.