Embora Salvador tenha recebido diversas embarcações desde 1501, ano do registro da descoberta da Baía de Todos os Santos, a primeira atracação no local onde hoje conhecemos como Porto de Salvador, no trecho denominado Cais da Alfândega, aconteceu em 17 de julho de 1911, em manobra com o navio a vapor Canavieiras. A embarcação era propriedade da Companhia Bahiana de Navegação, inicialmente fundada por investidores ingleses em 1836 e posteriormente adquirida pelo governo baiano em 1905. Em 1957, tornou-se uma empresa de economia mista.
Atracação do Canavieiras - Imagem de arquivo da Prefeitura de Salvador
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Após o marco da atracação do Canavieiras, que agitou a sociedade de Salvador à época, como é possível notar na imagem acima, o porto soteropolitano finalizou as obras no Cais da Alfândega e iniciou sua exploração comercial em 13 de maio de 1913, data de sua fundação oficial. Até então, era precária a recepção de embarcações que atendiam à movimentada economia de Salvador, capital do Brasil Colônia de 1549 até 1763. Durante dois séculos, segundo o histórico do Porto informado pela Companhia Docas do Estado da Bahia (Codeba), Salvador foi o principal destino das embarcações que cruzavam o Atlântico na rota comercial entre o Novo e o Velho Mundo.
A precariedade dos trabalhos gerava inquietação nos baianos. De acordo com informações de Nelson Cadena no blog Memórias da Bahia, o Porto era um projeto antigo, da época do Brasil Colônia, porém "sucessivamente adiado após tratos e destratos com concessionários". Uma odisseia que começou com a concessão dada à Bahia Docks Company Limited, constituída em Londres e que tinha Visconde de Mauá como diretor-presidente, e terminou com a execução das obras pela Companhia Cessionária das Docas do Porto da Bahia.
No fim de 1916, foi entregue ao tráfego o armazém número 7 e, em 16 de janeiro de 1922, o cais denominado Comendador Ferreira. A empresa concessionária mudou novamente a sua razão social, em 25 de junho de 1941, para Companhia Docas da Bahia. O Porto de Salvador sofreu intervenção federal nos termos do Decreto 67.677, de 30 de novembro de 1970, sendo depois encampado pela União, conforme o Decreto 77.297, de 15 de março de 1976. Por fim, a sua administração passou à atual Codeba, criada em 17 de fevereiro de 1977, como controlada da Empresa de Portos do Brasil S.A. (Portobras), extinta em 1990.
Hoje, o Porto de Salvador desempenha um papel decisivo para a economia baiana, se destacando na movimentação de contêineres, cargas gerais, trigo, celulose e frutas, beneficiado, entre outros fatores, por sua posição estratégica em relação ao Continente Europeu e o Mercosul. Sua área de influência inclui, além da Bahia, o norte de Minas Gerais, Sergipe, Alagoas, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará. É também um dos principais destinos das rotas de cruzeiros marítimos do litoral brasileiro.