O software de sequenciamento de genoma para GPUs acelera o processo para entender mais sobre o novo coronavírus
Em resposta à pandemia do novo coronavírus (COVID-19), a NVIDIA Enterprise compartilha ferramentas com pesquisadores ao redor do globo que podem acelerar a corrida para entender o COVID-19 e ajudar a formular uma resposta ao vírus.
A NVIDIA passa a fornecer uma licença gratuita de 90 dias ao software Parabricks para qualquer pesquisador no esforço mundial de combater o COVID-19. Baseado no conhecido Genome Analysis Toolkit, o Parabricks usa GPUs para acelerar em até 50 vezes a análise de dados de sequência.
Para pesquisadores que trabalham com dados de leitura longa da Oxford Nanopore, um repositório de ferramentas aceleradas por GPU está disponível no GitHub. Além disso, os seguintes aplicativos já possuem a aceleração da GPU NVIDIA integrada: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
“O sequenciamento do novo coronavírus e o genoma das pessoas atingidas pelo COVID-19 são necessários para compreender mais sobre a doença e, assim, produzir novos medicamentos e vacinas. Esse tipo de análise normalmente leva tempo e por isso disponibilizamos nossas ferramentas gratuitamente que conseguem acelerar o processo em até 50 vezes”, explica Marcio Aguiar, gerente sênior da divisão NVIDIA Enterprise para América Latina.
A NVIDIA Enterprise reconhece que a pandemia está em evolução e seguirão monitorando a situação para estender a oferta conforme necessário.
A aceleração da ciência faz parte da missão principal da NVIDIA Enterprise. A equipe da Parabricks ingressou na NVIDIA em dezembro de 2019, fornecendo a ferramenta mais recente para esse trabalho. Esse software pode reduzir o tempo variante de um sequenciamento de genoma humano inteiro de dias para menos de uma hora em um único servidor. Dada a disseminação sem precedentes da pandemia, obter resultados em horas em vez de dias pode ter um impacto extraordinário no entendimento da evolução do vírus e do desenvolvimento de vacinas.
A NVIDIA Enterprise aproveita o momento para convidar todos os parceiros a se juntarem para combinar esse esforço urgente de ajudar a comunidade de pesquisa. A empresa também tem conversado com provedores de serviços em nuvem e centros de supercomputação para fornecer recursos de computação e acesso ao Parabricks em suas plataformas.
Aqueles que desejam utilizar o Parabricks, precisam preencher a licença neste formulário e ter acesso às GPUs NVIDIA.
