O regulamento da Agência lista 13 competências:
I - supervisionar, orientar e coordenar as ações das gerências que lhe forem subordinadas;
II - acompanhar os resultados das políticas de marinha mercante e a qualidade da prestação dos serviços de navegação e do transporte aquaviário, no âmbito da navegação marítima e de apoio;
III - promover a integração com outros órgãos e autoridades relacionadas com a atividade de marinha mercante, no âmbito da navegação marítima e de apoio, e com a defesa da ordem econômica;
IV - elaborar proposta para o plano geral de outorgas para prestação de serviços de transporte aquaviário de carga na navegação marítima e de apoio;
V - supervisionar a atuação das empresas de navegação marítima e de apoio;
VI - autorizar a liberação de afretamento de embarcações estrangeiras e de cargas prescritas à bandeira brasileira, no âmbito da navegação marítima e de apoio;
VII - homologar acordos operacionais, no âmbito da navegação marítima e de apoio;
VIII - atuar na defesa dos direitos dos usuários dos serviços de transporte aquaviário na navegação marítima e de apoio;
IX - propor ações fiscais e autuações de infrações e medidas cautelares;
X - estabelecer relação permanente com o sistema de arrecadação do Adicional ao Frete para a Renovação da Marinha Mercante-AFRMM, para a transferência das informações sobre as empresas de navegação, afretamentos, inclusão de embarcação estrangeira, inclusão de portos, NVOCC e acordos operacionais, necessários à operação daquele sistema;
XI - estabelecer em conjunto com a Superintendência de Fiscalização e Coordenação das Unidades Administrativas Regionais as diretrizes e procedimentos comuns;
XII - informar ao tribunal marítimo o cumprimento da legislação sobre afretamento a casco nu de embarcação com suspensão de bandeira no Registro Especial Brasileira-REB;
XIII -apoiar à Superintendência de Fiscalização e Coordenação das Unidades Administrativas Regionais na celebração de Termo de Ajuste de Conduta.
