A criação da Secretaria de Portos é um dos momentos mais ricos de toda a história portuária do país, comparado, inclusive, à abertura dos portos as nações amigas, em 1808. A SEP surge como reflexo da prioridade atribuída pelo Governo Federal ao setor, que movimenta anualmente 700 milhões de toneladas das mais diversificadas mercadorias e responde por aproximadamente 90% do comércio exterior brasileiro. A criação do novo órgão tem, entre os seus objetivos, colocar os terminais portuários brasileiros no mesmo patamar de competitividade dos mais eficientes do mundo, reduzindo assim o “Custo Brasil".
Entre as atribuições e competência da Secretaria está a formulação de políticas e diretrizes para o fomento do setor, além da execução de medidas, programas e projetos de apoio ao desenvolvimento da infra-estrutura portuária, com investimentos orçamentários e do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC). Compete ainda à SEP a participação no planejamento estratégico e a aprovação dos planos de outorgas, tudo isso visando assegurar segurança e eficiência ao transporte aquaviário de cargas e de passageiros no país.
Já quanto às metas estabelecidas pela Secretaria de Portos, destaca-se a elaboração do Plano Nacional Estratégico dos Portos, que vai priorizar investimentos públicos e viabilizar o conceito dos portos concentradores e alimentadores, tendência operacional verificada mundialmente.
Além disso, a consolidação dos marcos regulatórios do setor, buscando estimular a livre iniciativa e atrair mais investimentos privados, desonerando as cargas tributárias no âmbito das áreas alfandegadas e a disponibilização dos serviços públicos portuários, conforme previsto em lei, promovendo um modelo de gestão pautado por resultados previamente definidos também figuram como objetivos da SEP.
A administração da Secretaria foi destinada ao PSB, que indicou o primeiro ministro da pasta, Pedro Brito do Nascimento, e também o seu sucessor, Leônidas Cristino.