É o orgão de autoridade marítima junto de um devido porto, que, normalmente, também exerce jurisdição na área marítima ao redor do mesmo. Nas suas áreas de jurisdição, as capitanias dos portos são, normalmente, responsáveis pelo cumprimento das legislações e regulamentações marítimas e portuárias, principalmente no que compete à segurança da navegação. Podem ter outras funções, como a da busca e salvamento marítimo, fiscalizar serviços de praticagem, realizar inspeções navais e vistorias, instaurar e conduzir inquéritos cabíveis a investigação de atos criminais, fatos e acidentes de navegação, controle de imigração, combate à poluição, fiscalização das pescas e serviço de pilotagem, apoio aos militares da Marinha e seus dependentes, quanto a pagamento, saúde e assistência social, e também o pessoal civil e seus dependentes, emissão regular de informações locais sobre a segurança da navegação, os chamados avisos à navegação, além disso, podem supervisionar a manutenção e a operações de auxílio à navegação dentro do porto, inspecionar as embarcações e, eventualmente, supervisionar o serviço de pilotagem do porto. Normalmente, o capitão do porto e os seus agentes têm poder de polícia, podendo deter criminosos dentro da sua área de jurisdição. Os poderes de polícia das capitanias dos portos podem ser mais ou menos alargados consoante as leis do país ou do território onde se encontram. Normalmente, a chefia de uma capitania é exercida por um oficial de marinha designado, o chamado capitão do porto, que, de forma histórica, é desempenhada, em quase todos os países, por um oficial da marinha de guerra. No entanto, em alguns países, a função pode ser desempenhada por um oficial da marinha mercante.
Nos países onde existe uma guarda costeira é frequente, não só a função de capitão do porto ser desempenhada por um dos seus oficiais, como também é frequente as próprias capitanias serem órgãos dela dependentes. Independentemente da função ser desempenhada por um oficial naval ou civil, um capitão do porto tem que ter experiência de navegação.
