Diferentemente da gestão de processos, a gestão por processos prioriza os processos como um eixo gerencial de maior importância que o eixo funcional.
Sendo assim, há mudanças na estrutura organizacional e em outros elementos integrantes deste, enfatizando os processos em oposição à hierarquia, colocando importância maior sobre os resultados e clientes, fazendo com que seja uma expressão mais ampla que a gestão funcional de processos transversais (orientação por processos).