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A inauguração oficial do porto aconteceu em 20 de janeiro de 1955, com a sua exploração exercida pelo órgão estadual Administração do Porto de São Sebastião, criado em 18 de setembro de 1952 e reestruturado em 4 de julho de 1978.
O porto é administrado pela Administração do Porto de São Sebastião, vinculada ao Dersa – Desenvolvimento Rodoviário S.A., do sistema de transportes do Governo do Estado de São Paulo.
Está localizado na Cidade de São Sebastião, em frente à Ilha de São Sebastião (Ilhabela), no litoral norte.
A área de influência é representada por um trecho do Vale do Paraíba, destacando-se os municípios paulistas de São José dos Campos, Taubaté, Pindamonhangaba, Guaratinguetá e Cruzeiro, e por parte da região do ABC, Mogi das Cruzes, Sorocaba, Campinas, Piracicaba e estado de Goiás.
Conforme a Portaria-MT nº 400, de 15/7/94 (D.O.U. de 18/7/94), a área do porto organizado de São Sebastião é constituída:
a) pelas instalações portuárias terrestres existentes na cidade de São Sebastião a partir da interseção da linha da costa com o paralelo 23º47'30"S, descendo pela praia de São Sebastião e praia do Areião até atingir o paralelo 23º49'00"S, abrangendo todos os cais, docas, pontes e píeres de atracação e de acostagem, armazéns, edificações em geral e vias internas de circulação rodoviária e ferroviária e ainda os terrenos ao longo dessas áreas e em suas adjacências pertencentes à União, incorporados ou não ao patrimônio do porto de São Sebastião ou sob sua guarda e responsabilidade;
b) pela infra-estrutura de proteção e acessos aquaviários, compreendendo as áreas de fundeio, bacias de evolução, canal de acesso e áreas adjacentes a esse até as margens das instalações terrestres do porto organizado, conforme definido no item "a" acima, existentes ou que venham a ser construídas e mantidas pela Administração do Porto ou por outro órgão do poder público.
Acessos
Rodoviário – Pela zona urbana de São Sebastião, através das avenidas São Sebastião e Dr. Altino Arantes. O município é alcançado pelas SP-055/BR-101, que encontram a SP-099, em Caraguatatuba, essa dando acesso ao Vale do Paraíba e à rodovia Presidente Dutra (BR-116, Rio – São Paulo).
Marítimo – Oferece duas barras de entrada demarcadas pelos faróis, respectivamente, da Ponta das Canas, no norte, e da Ponta das Selas, no sudoeste da ilha de São Sebastião. A primeira, barra norte, possui 550m de largura e profundidade de 18m; e a segunda, barra sul, largura de 300m, com profundidade de 25m. Os canais de acesso correspondentes dispõem, respectivamente, de largura e profundidade de 500m e 18m (norte) e 300m e 25m (sul), os dois somando 22,8km de extensão.
As instalações de acostagem, em formato de píer, medem 362m de comprimento, comportando quatro berços, sendo apenas um comercial, com 150m e profundidade de 8,2m.
Para armazenagem, o porto conta com três armazéns, totalizando 2.531m2 e três pátios, constituindo 58.500m2, para carga geral.
No porto existe o terminal Tebar (Terminal Marítimo Almirante Barroso), da Petrobrás, para óleo e derivados, operando em dois píeres e compondo quatro berços numa extensão de 905m, com profundidade variando entre 14m e 26m. Para depósito, são utilizados 43 tanques, representando 2.100.000t de capacidade.