Atualmente operam no aeroporto, voos regionais explorados pela Azul Linhas Aéreas com voos diários, voos da aviação geral (táxi aéreo) e uma grande movimentação de voos militares, servindo o aeroporto como ponto estratégico de apoio às operações da Força Aérea Brasileira – FAB, Exército Brasileiro – EB, Marinha do Brasil – MB, Departamento de Polícia Federal - DPF e ainda apoio a aviação internacional por conta de acordos firmados entre os países Brasil, Peru e Colômbia.
