O médio São Francisco tem início na montante dos obstáculos de Paulo Afonso e Xingó, incluindo o Lago de Sobradinho. O Rio São Francisco foi represado com a usina hidrelétrica de Sobradinho, na década de 1960, e a construção de eclusa permitiu a continuidade da navegação fluvial no médio e no alto São Francisco. As barragens em Paulo Afonso e Xingó não dispõem de eclusa, condição que não permite a navegação entre o médio e baixo São Francisco