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A coordenação do projeto no Brasil esteve a cargo da Secretaria de Recursos Hídricos e Ambiente Urbano do Ministério do Meio Ambiente. Para acompanhamento e articulação das ações previstas foi estruturada a Unidade Nacional de Execução do Projeto (UNEP) que contou com a participação de algumas instituições do Governo Federal, representantes de universidades, associação técnico-científicas (ABAS), organizações não-governamentais (ONGs) e organismos de bacias hidrográficas, além dos 8 Estados de ocorrência do aquífero: Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Paraná, Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo.
Em 2 de agosto de 2010, o Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai assinaram um acordo sobre o Aquífero Guarani. Um dos objetivos é de ampliar os níveis de cooperação para um maior conhecimento científico sobre o Sistema Aquífero Guarani e a gestão responsável de seus recursos hídricos. O acordo precisa ser ratificado pelo Congresso Nacional do Brasil para sua entrada em vigor.